ある朝、剣道の稽古に励んでいた剣崎ムサシは突如デジクオーツに飲み込まれてしまう。そこで出会ったデジモン・コテモンはムサシを上回る剣道の達人だった。ムサシはコテモンに稽古をつけてもらうことに……。剣道部の助っ人で大会に出場していたタギルたちは剣道勝負を挑んでくる“辻斬り”が現れるという噂を耳にする。調査を始めたタギルたちが見たのは大学生剣士に勝負を挑むムサシの姿だった。去年の剣道大会で、助っ人のタイキに敗れたムサシはそれ以来タイキに勝つことを目標にしていた。デジクオーツに逃げ込んだムサシをタギルたちは追い掛ける！

デジクオーツでムサシと共に稽古に励むコテモンたちを見つけたタギルたち。事情を聴くと“辻斬り”は強くなりたいムサシの一心で始めたことで、コテモンになだめられたムサシも“辻斬り”を止めることを約束。だが、タイキはムサシには何かあると感じていた……。剣道の試合でムサシを追いこめば、手掛かりがつかめるかもしれないとタギルは剣道の特訓に励むことに。デジクオーツでガムドラモンを相手に特訓するタギルに、コテモンが稽古をつけてくれるという。剣道大会本番が近付いていた……。

剣道大会当日、順調に勝ち上がり決勝戦を迎えることとなったタギルたちとムサシ。大将戦までもつれ込み、タギルとムサシの勝負が始まった！　以前と同じように黒い影をまとって攻撃してくるムサシにタギルは追い詰められる。だがタギルを倒そうとした瞬間、ムサシはデジクオーツに飲み込まれてしまった！　追い掛けたタギルたちが見たのはムサシと一緒にいるレンの姿だった。ドラクモンを強くするためにムサシの強くなりたいという気持ちを利用したレンは、ついにドラクモンをヤシャモンへと超進化させるのだった！

さらにコテモンまでもハントしようと襲いかかるレンとヤシャモン。タギルもガムドラモンを超進化させ対抗するが、ヤシャモンの攻撃にタギルたちは苦戦、ガムドラモンに戻ってしまう。その時、コテモンがタギルにガムドラモンとのデジクロスを申し出る。デジクロスしたガムドラモンの攻撃に敗れたヤシャモンとレンは姿を消した。大会はムサシの勝利で終わり、全国大会へと出場することになった。これ以上教えることは無いとムサシを送り出すコテモン。その様子を見たタギルとガムドラモンは自分もいつかトップに立ちたいと決意するのだった。