釣りをするため海へとやって来たタイキ、タギル、ユウの3人。そこでユウは、家族と一緒に海へ遊びに来ていたアイルと出会う。タギルが最初に釣竿をヒットさせるが、かかったのはサブマリモンだった。そのサブマリモンのパートナーであるミズキは、デジモンハンターであると同時に、海で財宝を探すトレジャーハンターでもあるという。海中深くで沈没船を見つけたが、そこを守るデジモンに邪魔されて近づけないところを偶然出会った時計屋のおやじからクロスローダーをもらい、デジモンハンターになったというのだ。

ミズキからデジモンハンターなら謎のデジモンをハントしてほしいと頼まれて、タイキたち3人は協力することを決める。アイルも可愛い財宝があるならと、いやいやだが協力することにした。ミズキからダイビングの講習を受けた4人は、ガムドラモンとシャウトモンと一緒に海底深くへと進んでいく。そして、デジクオーツへと入ったみんなは、バリアに包まれた不思議な場所へとたどり着いた。そこでミズキはこれ以上進まないでほしいという謎の声を聞くが、別に聞こえてきた怪しい声に操られて、バリアを解除してしまう。

財宝への入口が開いたとたん、謎のデジモンが姿を現した。そのデジモンの名はダゴモン、海の邪神デジモンと呼ばれる恐ろしい奴だ。海中では不利だと思ったタイキたちは、ダゴモンを振り切って海底洞窟へと逃げ込む。そこには貴重なデジモンであるプレシオモンが隠れていた。海の財宝とは、このプレシオモンが守っていたデジタマだったのだ。そして、それはダゴモンが自分をパワーアップさせるため狙っていたものでもあった。ダゴモンにあやつられたミズキが財宝を奪おうと暴れ始める。さらにダゴモンも追いついてしまう。

巨大なダゴモンのパワーに対抗するため、タギルはアレスタードラモンとギガブレイクドラモンをクロスアップさせるが、操作不可能なギガブレイクドラモンが暴走してしまう。そこでタギルは自らが操縦することでアレスタードラモンを制御しようと、その上に乗った。一方、タイキとプレシオモンの呼び掛けによって目を覚ましたミズキ。プレシオモンの協力を受けてサブマリモンをクロスアップさせ、アレスタードラモンとの協力で見事ダゴモンを倒すことに成功する。こうして海の財宝は無事に守られた。タギルたちは一匹も釣れなかったが、ダゴモンという大物をハントしたことに満足して海を後にする。