クオーツモンによってデジクオーツと化した世界。クロスローダーにより守られていたタギルたちは反撃の準備を始める。時計屋のおやじがみんなを集めたのは、タイキたちクロスハートがバグラモンと決着をつけた場所だった。クオーツモンとは人間界のデジタルパワーが、この決戦の影響でデジモン化したものだったのだ。そして、このクオーツモンを倒すには、ここで眠るバグラモンの右腕を武器に変えたブレイブスナッチャーだけであり、それを手にするためには、異なる次元にいる世界を救った6人の英雄の力が必要だった。

さらにこの6人の英雄と一緒に戦う最強のハンターを選ばなければならない。そのためにタイキは、クロスハートの仲間と一緒に、クオーツモンが作ったヴァンデモン軍団と戦う。アカリとゼンジロウもクロスローダーをもらい、一丸となって戦うクロスハートの仲間たち。一方、時計屋のおやじが作った空間で、ハンターたちは最強のハンターを選ぶ戦いを始める。最終的にこの重要な戦いに名乗りを上げたのはタギルとリョウマのふたりだけだった。そしてタギルのアレスタードラモンと、リョウマのアスタモンの一騎打ちが始まる。

クロスハートの活躍で、ヴァンデモン軍団は倒されていく。だが、ヴァンデモンたちは超進化し、強力になってふたたび襲いかかる。この絶体絶命の中、ついに次元を超えた英雄が助っ人として駆けつけた。八神太一のアグモンはウォーグレイモンに進化、さらに合体してオメガモンになる。マグナモンとして戦っていた本宮大輔のブイモンはジョグレスでインペリアルドラモンになり、松田啓人のギルモンはデュークモンに進化、神原拓也はアルダモンからスサノモンになり、大門大のアグモンはシャイングレイモンに進化して戦う。

英雄たちの活躍により、最強と思われていたヴァンデモン軍団は倒された。そこへ代表を決める戦いを終えたハンターたちが現れる。代表はわずかの差でリョウマが射止めていた。敗れながらも清々しい顔で現れるタギル。英雄たちからエネルギーをもらい、ブレイブスナッチャーを手にしたリョウマだったが、その標的としてタイキとシャウトモンを狙う。呆気にとられる一同に、リョウマは自分こそがクオーツモンの味方だと告白する。そして、ついにクオーツモンは言葉を発信、世界をデジクオーツ化して人間をすべてデリートするという恐ろしい計画を語り始めた！