兜甲児とマジンガーＺの後を継ぎ、世界の平和を託された剣鉄也とグレートマジンガー。一方、ミケーネ帝国は各地にスパイを派遣しグレートマジンガーの情報収集に努めていた。そうした中、グレートマジンガーに間違われたボスボロットが戦闘獣バルバリとオベリウスの襲撃に遭遇、甲児の弟・シローが巻き込まれてしまう。