甲児との別れに寂しさを感じているシロー。鉄也の相棒・炎ジュンは、シローを｢科学要塞研究所｣に引き取ることを提案し、剣造所長も快諾する。その頃ミケーネ帝国では、残忍さ故に投獄されていた戦闘獣ガラリヤに、打倒グレートマジンガーの任が下っていた。未経験の海中戦を挑まれ窮地のグレートマジンガーと鉄也は･･･