発見された巨大爬虫類の化石の運搬にグレートマジンガーの出動が要請されるが、鉄也の強い反発でビューナスＡが向かうことになる。だがその化石の正体は戦闘獣イグアナスだった！イグアナスの奇襲攻撃に対し、グレートマジンガーの出撃で研究所の破壊は阻止されるものの、妖爬虫将軍ドレイドウは新たな作戦を思いつく。