グレートマジンガーに遅れを取るのはレーダーがないからだと気付いたボスに、謎の科学者集団が接触した。だが設置してもらったレーダーのせいで研究所は電波障害に。ミケーネに騙されたとボスたちが気付いた時には、すでに研究所はミケーネスたちに襲撃され、所内での白兵戦を強いられてしまう。責任を感じたボスは･･･。