闇の帝王の怒りは頂点に達していた。暗黒大将軍とアルゴス長官は、海底火山を噴火させ、新たにできた島に前線基地を建設することを企てる。研究所に計画を察知されまいと、各地の海底火山を噴火させ、戦闘獣を差し向ける両者。そうとは知らない研究所は、戦闘獣の出現する各地にグレートマジンガーたちを派遣するのだった。