ある日、ゆりはキュアムーンライトがダークプリキュアに負ける夢を見ました。一体どういうことでしょうか? ゆりはお母さんとふたり暮らし。お父さんはこころの大樹を探す旅に出たまま帰ってきません。でも、お母さんはお父さんの帰りを信じて待ち続けていました。一方、砂漠の使徒の本部では、ダークプリキュアがゆりのことを考えています。しかしサバーク博士から、今いるプリキュアを倒すよう言われました。さらにムーンライトには関わらないようにしろとも言われます。はたしてムーンライトとゆりの間には、何があるというのでしょうか?
ももかに誘われて、つぼみとえりかはショッピングに行くことになりました。でも、数十年に一度しか咲かないリュウゼツランの花が咲いたとのおばあちゃんからの連絡に、つぼみはダッシュで植物園に向かいます。植物園に着いたつぼみは、以前に花言葉を通じて助けてもらったゆりと再会します。どうやら、おばあちゃんとも知り合いのようなゆり。そしてふたりはおばあちゃんの勧めで、一緒にリュウゼツランの花を見ることになりました。そのころ駅前に近づいたえりかは、スナッキーが暴れているところを目撃します。しかもその指揮をとっていたのは、あのダークプリキュアでした。