白神山の工事現場で働いている父、鈴村勇作にお弁当を届けに行こうとする翔子と、友達の孝太と順平は、途中でおかしな雷が鳴るのを聞く。工事現場では、お種ばあさんを始めとする古老たちが、村長に工事を中止するように訴えていた。だが、いかずち岩を壊すと雷獣が怒り出すという話は取り合ってもらえない。ブルドーザーがいかずち岩を移動させた途端に、強い雷が落ち始めた。落雷は次々と重機をおそい、木を倒し、クレーンをへし曲げる。雷をさけて身を伏せた翔子たちは、クレーンの上で雷を吐き出す、怒れる雷獣の姿を見るのだった。

雷獣を見たという翔子たちの話を勇作は信じなかった。お種ばあさんは、いかずち岩が移動してしまったため、いつもの居場所を失った雷獣が怒ったのだと翔子たちに語る。どうにかして雷銃を鎮めたいと願う翔子に、お種ばあさんは鬼太郎へ手紙を書いて、妖怪ポストに出すようにすすめた。鬼太郎はネコ娘が持ってきた手紙を読んで、雷獣が出たことを知り、白神山に向かう。一方、この事件のニュースを聞いたねずみ男は、金儲けのにおいを感じて、工事現場に雷獣退治をもちかけるが、つまみだされてしまう。そして工事が再開されたのだった。

工事が再開されて暴れだす雷獣。ねずみ男は落雷を受けて、逃げていってしまった。落雷の中、翔子たちは工事現場に向かい、勇作に作業の中止を訴えるが聞いてもらえない。雷獣が泣いているのを感じる翔子たちの前に、鬼太郎があらわれた。怒りで我を忘れている状態の雷獣をここから引き離そうと、鬼太郎はリモコン下駄や髪の毛針、霊毛ちゃんちゃんこを駆使して戦う。そして高圧電線にひっかかった雷獣に対して、体内電気で勝負をいどんだ。目玉おやじは、この隙にいかずち岩を元の位置に戻すように、ネコ娘と翔子たちに指示するのだった。

高圧電線で鬼太郎と戦っている雷獣を見て、ようやく翔子の言っていたことが本当だと勇作は気付いた。翔子たちは力を合わせて、いかずち岩を動かそうとするが全然動かない。このままでは鬼太郎が危ない。勇作たち大人も協力し、ようやくいかずち岩を動かすことができた。そして岩が元の位置に戻ったことで、雷獣も怒りをおさめて、おとなしくなる。その後、開発計画は見直され、いかずち岩はそのまま保存されることになり、いわれを書いた立て札が立てられた。翔子たちは親の無事に安堵し、雷獣がゆっくり休めるようにと祈るのだった。