ネコ娘は憧れの職業だった、小学校の修学旅行のバスガイドの仕事をしていた。一方、ねずみ男は妖怪横丁の入り口が、つるべ火の操る灯籠の炎によって色んなところに繋がっているのを利用して、宅配便をすることを思い付き、鬼太郎に相談するが、つるべ火は一日一回しか繋げる場所を変更できないことを知り、企画を立て直すことにする。古都を巡る修学旅行生の廬山辰美と二宮恵太は、立ち入り禁止の古井戸に石を投げ込んで遊んでいた。そのことによって妖怪が目を覚ましてしまう。妖怪は子供たちの名前を聞いて、彼らに目をつけるのだった。

その晩、温泉に入ろうとしたネコ娘がバッグをあけると、そこには一反もめんが入っていた。古都が好きなので、我慢できずに付いてきてしまったのだ。寝る前にトイレに出かけた井森真名は、妖怪狂骨に襲われる。ホテルの廊下を追いかけられ、やっと逃げ込んだ部屋には狂骨が待ち構えており、恐怖におびえる井森は問われるままに名前を答えてしまい、消されてしまう。翌日、行方不明になった井森を先生たちが探している中、修学旅行は続けられた。廬山と二宮の二人が見学しているところに、狂骨があらわれて廬山を襲い、白く固めてしまう。

狂骨は二宮に順番がまだだと言って去ろうとするが、そこに二人を探しに来たネコ娘があらわれる。一反もめんが狂骨と戦っている間に、ネコ娘は二宮を連れて逃げながら、携帯電話で鬼太郎に助けを求めた。しかし、化けカラスの集まりが悪く、一反もめんもいない今、ネコ娘のところに行く手立てがなく、あせる鬼太郎。ネコ娘は狂骨がいろはの順に子供を襲っていることに気が付き、次は羽原の番だと思い当たる。バスに乗って待っている羽原を狂骨が襲った。二宮と逃げる羽原を、すんでのところでネコ娘が助けるが、自らも危機に陥ってしまう。

そこに助けにあらわれる鬼太郎。ねずみ男がつるべ火の能力を旅行に使おうと思い付いたおかげで、ここに駆けつけることができたのだ。しかし、一反もめんとねずみ男のコンビネーション攻撃も、鬼太郎の髪の毛針やリモコン下駄も、狂骨にはきかない。身体が死人の魂でできているので、すぐに再生してしまうのだ。鬼太郎は霊毛チャンチャンコに体内電気を帯電させてぶつけることで、狂骨の再生を防ぎ、お札と髪の毛槍で狂骨を倒すことに成功する。行方不明の井森と廬山も古井戸から助け出され、みんなは修学旅行の続きを楽しむのだった。