鬼太郎はねずみ男と二人で旅行に出ていた。オベベ沼近くの村から手紙が来たのだ。妖怪横丁では三日前からかわうその姿が消えており、アマビエは自分がこき使ったせいではないかと反省していた。手紙をくれた家に着いた鬼太郎とねずみ男は、被害にあった娘、花子に会う。花子は声を盗まれ不気味な声となっていた。かわうその仕業だと言う。かわうそにこんな能力は無いが、水神石の力を使えば可能だ。川男に、最近水神石の気配を感じないと聞いた鬼太郎は、沼底に潜り、水神石が盗まれているのを確認した。やはり、かわうその仕業なのか

かわうそと出会った時のことを思い出すねずみ男と鬼太郎。昔、オベベ沼で少年からシジミを採るのを手伝ってくれと頼まれたねずみ男は、亀のエサにされそうになった。そこに、少年の姿をした妖怪がいたずらをしているとの噂を聞いた鬼太郎があらわれる。少年を捕まえ、正体を暴くと、かわうそだった。かわうそは誰にもかまってもらえない寂しさから、水神石の力を使っていたずらをくりかえしていたのだ。鬼太郎はかわうそを妖怪横丁に来るように誘った。それ以来、かわうそは妖怪横丁の住人となり、人に悪さをすることもなくなったのだ。

今度は酒屋の娘が襲われたという連絡が入った。鬼太郎とねずみ男は一計を案じる。女装したねずみ男がおとりになるのだ。あらわれたかわうそと戦う鬼太郎だったが、水神石の力に勝てず、口の中にある水神石の中に閉じ込められてしまう。だが、ねずみ男が水神石を取り返すことに成功する。すると水神石の中から鬼太郎と本物のかわうそがあらわれた。いたずらを繰り返し、鬼太郎と戦ったかわうそは、水神石の力で変身していた一目入道の仕業だったのだ。かわうそは手紙を見て、自分の濡れ衣を晴らそうと一人でオベベ沼にやって来ていたのだ。

これから先の決着は、鬼太郎の手を借りずに自分がつけると、一目入道に戦いを挑むかわうそ。勝利したかわうそは、一目入道が悪さをしていた理由が、仲良くしていた人間の少女が連れてきた友達に怖がられ、それ以来、少女が来なくなったからだと知る。かわうそがイタズラをしていたせいで、オベベ沼の妖怪は人間の目の敵にされていたのだ。それでかわうそに化けてイタズラするようになったのだった。鬼太郎は一目入道に寂しくなったら妖怪横丁に来るように言って去った。どうしようか迷う一目入道に、戻ってきた少女が声をかけるのだった。