傘化けとかわうそに協力させて怪奇現象を演出し、人間を脅して、うまくだまして金儲けしようと企んだねずみ男だったが、鬼太郎に勘付かれてじゃまされてしまう。空きっ腹を抱えてさまよっていたところ、どこからか美味しそうな匂いが漂ってきた。匂いに惹かれて洞窟に入ったねずみ男は、そこで待っていた骨女に、自分の骨で出汁を取ったスープをご馳走になる。そのスープを飲むと、あまりの美味しさに魂を抜かれてしまうのだ。だが、骨女の目的はねずみ男の魂ではなかった。実は骨女は、ずうっと昔からねずみ男のファンだったと言うのだ。

昔のねずみ男はもっとずるくて悪賢くてかっこよく、鬼太郎なんかよりはるかに優れていると、骨女はおだてあげる。そして、一緒に鬼太郎を見返してやろうと、洞窟の奥に眠っている妖怪舞首のところへ案内する。風首、火首、雷首の三つの首が一緒になった、恐るべき力を持った妖怪だ。舞首は愛する二人が奏でる骨のリズムによって操ることができ、そして目覚めさせるには人間100人分の魂が必要なのだという。ねずみ男は悪知恵を働かせて、グルメツアーを企画し、人間に骨女のスープを飲ませて魂を抜き、舞首を復活させることに成功した。

ネコ娘から人間が大量に行方不明になっており、ねずみ男が関わっているらしいという情報を聞いた鬼太郎。ねずみ男は骨女と舞首を操り、調べに来た鬼太郎に立ち向かわせた。まだ風首と火首しか目覚めていなかったが、そのものすごい力と、鬼太郎の戦法を熟知したねずみ男によって、苦戦を強いられた鬼太郎は、ついに舞首に押しつぶされてしまった。鬼太郎が死なないまでも重傷を負ったという話を聞いて、ねずみ男は止めを刺しに行く。ねずみ男は、冥土の土産に骨女のことを教えて、おなら爆弾を爆発させて、鬼太郎の家を後にしたのだった。

舞首を完全に目覚めさせたねずみ男と骨女。そこに鬼太郎の弔い合戦とばかりに、妖怪横丁のみんながやってきた。舞首で迎え撃つねずみ男と骨女だったが、リズムを奏でる骨をリモコン下駄で壊されてしまう。鬼太郎は生きていた。ねずみ男から黒幕を聞きだすために一芝居うっていたのだった。自由になった舞首は、元々仲の悪い首がくっついた妖怪だったので、お互い同士で戦って自滅し、封印されてしまう。追い詰められるねずみ男と骨女。ねずみ男は土壇場で骨女を裏切るが、骨女はそんなねずみ男のあくどさに、本当に惚れてしまうのだった。