ねずみ男がゴミ箱をあさっていると、女性が助けを求める声が聞こえてきた。何者かに追われているらしい。だが女性を追っていたのは天狗ポリスだった。追い詰められて正体をあらわした女性は蛇の髪の毛の姿を持つ西洋妖怪だった。その目に見つめられ、一瞬の内に石にされてしまう天狗ポリスたち。そこに魔女ザンビアが、早く鬼太郎を石にして持ってくるようにとのバックベアードの命令を伝えに来た。女性を古い妖怪だと馬鹿にしたザンビアは、鏡で石化の魔力を持つ視線を防ごうとするが、何故か失敗してしまい、石にされてしまうのだった。

ねずみ男の知らせで、その西洋妖怪は妖女ゴーゴンであり、以前から日本に潜入しており、人間界では綱島瑞希というグルメビルのオーナーとして暮らしていることをつきとめる。そこにゴーゴンからの招待状が届いた。鬼太郎、目玉おやじ、ネコ娘、砂かけばばあ、子泣きじじい、一反もめん、ぬりかべは、ゴーゴンの招待を受け、対策に鏡代わりの霊界符をたずさえて乗り込んでいく。鬼太郎たちを豪勢な食事でもてなすゴーゴンは、自分の勝利に絶対的な自信を持っていた。そして戦いが始まるが、みんなが一瞬にして石にされてしまい驚く鬼太郎。

鏡に映して直接視線を合わせなければ石化はまぬがれるはずなのに。実はゴーゴンは髪の毛の蛇に、目の魔力を移すことができたのだ。鬼太郎もついに石にされてしまう。ゴーゴンはネコ娘と鬼太郎をある部屋に連れて行く。そこには今まで石にした人間から吸い取った邪気の塊があった。ゴーゴンは姉妹との力比べのために人間の邪気を集めていたのだ。そこに子泣きじじいがあらわれる。とっさに自らを石にして魔力から逃れたのだった。子泣きじじいの活躍でゴーゴンはたおされ、石化された人間たちや仲間はみんな元に戻ることができたのだった。

ゴーゴンはまだやられてはいなかった。最後の力をふりしぼって邪気の塊を街に放ち、人間たちを滅ぼそうとする。それを防ぐためには地獄の鍵を開いて、地獄の炎の力を使うしかない。しかし閻魔大王は、鬼太郎はまだその力を使いこなせないので、逃げるように命令した。だが鬼太郎は人間たちを見捨てることができず、地獄の鍵を開くことを決意する。鬼太郎は究極奥義獄炎乱舞を使用し、邪気の塊とともにゴーゴンをたおすが、地獄の炎を制御しきれずに、街は炎に包まれてしまう。自身も力尽きて倒れ、地獄の裁きを受けることになるのだった。