塾に通っている少年、山崎光一は、テストの成績が下がったことに焦っていた。同じ塾の子等がみんな敵に感じられる。自分を励ます少女、真紀の声もわずらわしい。光一は成績表を投げ捨てるが、変な旅の僧がそれを拾い上げ、話しかけてきた。不気味に思った光一は逃げ帰る。自宅の二階にある自室で悩んでいた光一は、窓の外にさっきの旅の僧がいるのに気が付く。旅の僧は雨が降っているので一夜の宿を借りたいと頼んだ。お礼はするからと。二階の軒先で良いというので光一は薄気味悪く思うも承諾して、布団に入るがなかなか寝付けなかった。

妖怪横丁では、配達する荷物から缶詰を盗んだねずみ男が、ネコ娘に追いかけ回されていた。ねずみ男は必殺技のおならでみんなの目をくらまし、まんまと逃げおおせる。光一は、ずっと塾の成績のことで悩んでいた。そんな帰り道、昨晩、軒先を貸した旅の僧があらわれ、恩返しのためになんでも望みをかなえてやると持ちかけた。光一は信じなかったが、旅の僧と話しているうちに、塾のクラスの成績の順番を上げて欲しいと、ついお願いしてしまう。旅の僧はその晩から、光一と塾の同じクラスの子供たちを、次々と闇の中に消していくのだった。

そこに妖怪の気配を察知した鬼太郎があらわれた。思ったより強敵で鬼太郎自身が闇に飲まれそうになるが、間一髪、一反もめんとネコ娘に助けられる。妖怪横丁へ戻った鬼太郎たちは、ココン（古今東西妖怪大図鑑）によって、その旅の僧が夜道怪だと知る。闇を操る恐るべき力を持った妖怪だ。一計を案じた目玉おやじは、闇に対抗するためにつるべ火を集めるように言う。更に鬼太郎はネコ娘にねずみ男を連れてくるように頼む。塾の教室では子供たちの数が少なくなっていた。光一は、それが妖怪の仕業だと噂されているのに怖くなって逃げ出す。

自分はそんなことを頼んでいないと言う光一を、夜道怪は恩を返すためにやったのにあんまりだと責める。そこに鬼太郎があらわれた。たくさんのつるべ火の光で闇を消し、夜道怪の技を封じようとするが、光あるところには影がある。自分たちの影を利用されて、逆に返り討ちにあってしまう。鬼太郎はつるべ火を一斉に消し、真っ暗にした。闇の中ではこれ以上逃げ場がない。そこを狙って、ねずみ男に屁をかまさせた。強力な臭さのおならに夜道怪は力尽きる。鬼太郎は光一に、よく考えないで口にすると災いを招くからと諭すのだった。