各国で次々と国務大臣がおそわれるという事件がおこっていた。そして日本でも国務大臣宛てに吸血鬼ジョニーからの予告状が届く。厳重な警備の中、予告時間に妖しいギターの音が響き、警備員はみな操られて、国務大臣を外へ連れ出すのだった。待ちかまえているコウモリの大群。国務大臣がおそわれようとしたその時、鬼太郎があらわれた。髪の毛針やリモコン下駄を駆使して戦う様子を何者かに解説するねずみ男。吸血鬼ジョニーに協力して金儲けを企んでいたのだ。幽霊族の最後の一人、妖怪のエリートである鬼太郎に免じて立ち去るジョニー。

妖怪横丁でみんなと相談する鬼太郎。そこにいつのまにか吸血鬼ピーとモンローが紛れ込んでいた。ピーとモンローはジョニーが吸血鬼のエリートであり、恐ろしい相手であることを伝える。そこにギターの音が響いてきた。ジョニーの気配を察して、あわてて逃げ出すピーとモンロー。操られてジョニーの屋敷へといざなわれる鬼太郎。一緒にいた目玉おやじは見張りのコウモリに見つかって追い出されてしまう。捕まった鬼太郎に、ジョニーは自分がエリートであることを誇るために、有名人をおそってメディアに報道させ、名声を高めていると語る。

ジョニーは、鬼太郎は血を吸ったくらいでは死なないと、コロリポンという薬で肉体を溶かしてしまおうとする。ねずみ男はジョニーに、妖怪のエリートである鬼太郎を部下にすれば格が上がると言って、溶かすのを止めようとし、鬼太郎に部下となれと説得する。しかし鬼太郎は断り、溶かされてしまう。なんとか屋敷に入り込んだ目玉おやじは、溶かされてしまった鬼太郎を見て愕然とするが、わずかに生気が残っているのを感じ、ねずみ男に溶けた液体を全て集めさせた。それをかわうそに託し、恐山の妖怪大病院の妖怪医者オソレに治療を頼んだ。

屋敷ではねずみ男がバイト料をせしめようとしていたが、その時リモコン下駄がジョニーを襲った。鬼太郎が生きていると察知したジョニーは見張りのコウモリによって、ねずみ男が裏切っていたことを知る。おそわれるねずみ男。そこに一反もめんにのって鬼太郎があらわれた。ジョニーはギターで鬼太郎を操ろうとするが、妖怪横丁の仲間が楽器で騒音を出し、ギターの音を防いだ。巨大なコウモリに姿を変えて鬼太郎と戦うジョニー。鬼太郎はコロリポンを狙って髪の毛針を放つ。燃え盛る屋敷とともにジョニーは溶けて蒸発してしまったのだった。