蒼坊主は鬼太郎とネコ娘に案内されて、大林久美という少女の家を訪ねていた。以前、山で迷子になって崖から落ちた久美と、その友人の夏樹と健司を助けたことがあったのだ。思わぬ再会に喜ぶ久美。だがあの時、蒼坊主が久美たちを助けたのは偶然で、本当は強力な妖怪、樹木子（じゅぼっこ）を封印するために山に来ていたのだった。その後、樹木子は姿を消しており、もしかして久美たちを追って街に出て来たのではないかと考えて、訪ねて来たのだった。蒼坊主の想像通り、健司が樹木子におそわれ、血を吸われて入院するという事件がおきる。

樹木子は普段は普通の木そっくりの状態で身を潜め、妖気も出さないので、蒼坊主は妖怪横丁のみんなに街中の木を調べる協力を頼むが、発見できなかった。手がかりを求めて、久美に話を聞いている途中、携帯電話に夏樹からの助けを求める着信が入った。夏樹を助けようと樹木子と戦う鬼太郎と蒼坊主だったが、封印のお札も効果が無く、痛覚が無いので髪の毛針も効かない。逆に枝針で鬼太郎が倒され、樹木子は地下に逃げていった。意識をなくした鬼太郎は妖怪横丁で治療を受ける。蒼坊主は対応策を思いつき、負傷した身体で出かけるのだった。

久美は、自分たちが山の中で食べた木の実が原因だと思い出した。金儲けができると考えたねずみ男が、護衛を引き受けようと久美の家を訪ねてくるが、肝心の鬼太郎が動けないと知り、逃げようとしたところに樹木子があらわれた。そこに蒼坊主が駆けつけるが、樹木子に捕まってしまう。だがそれは、自らの血を吸わせて樹木子の弱点を探ろうとする蒼坊主の作戦だった。ぬりかべや子泣きじじいの応援を得て封印のお札を貼るが、弱点に届かない。そこに鬼太郎が加勢し、髪の毛針とリモコン下駄でお札を樹木子に打ち込み、封印することができた。

妖怪横丁で傷の手当てをしながら一息つく鬼太郎たち。蒼坊主は、樹木子があんなに強い力を持ったことを不審に思っていた。そこにバケローが気になる妖怪ニュースを伝える。全国で封印された樹木子が活性化して、天狗ポリスが事態の収拾に駆け回っているというのだ。一方、地獄では、五官王が樹木子の変化は何かが死者の怨念を増大させた結果で、地獄に異変が起きているのではと考えていたが、宗帝王の命令により、閻魔大王への謀反の罪で逮捕されてしまう。そして侵入していたグレムリンの暗躍。地獄に何が起ころうとしているのだろうか？