日本各地で死者の魂がよみがえり、人間界はパニック状態になっていた。地獄に異変が起こっているためだ。ネコ娘とねずみ男は、閻魔大王からの呼び出しを受け、黒鴉に連れられて地獄に来ていた。そこにグレムリンの造った時空トンネルを使って、西洋妖怪が攻めてくる。五官王の裏切りによるものだと宋帝王に聞かされる一行。一方、鬼太郎と蒼坊主は、地獄と連絡が取れないのでゲゲゲの森の奥にある地獄の入り口へ向かうが、そこには十二年前に鬼界が島を襲ったドラキュラ二世、先代魔女、先代狼男、フランケンたち西洋妖怪が待ち受けていた。

地獄では十三王が結界を張って大王庁を守っていたが、西洋妖怪たちの猛攻にいつまで耐えられるかわからない。宋帝王に待っているように言われたネコ娘たちだったが、ねずみ男は１人で逃げ出していた。閻魔大王の間に迷い込んだねずみ男は、地獄の力を抑えるために魂を地獄と一体化させて、身体を動かすことのできない状態の閻魔大王から、五官王と宋帝王を連れてくるよう命ぜられる。そこに宋帝王があらわれるが、鏡に姿が映っていないのを見たねずみ男は、彼が偽物と気付き、逃げ出してネコ娘と黒鴉に協力を訴えるが信用してもらえない。

妖怪横丁の仲間たちが助けに駆けつけ、鬼太郎は一反もめんと共に地獄へ向かう。ねずみ男の言葉を信じたネコ娘と黒鴉は、霊界符を持つ五官王を裏切り者でないと確信して助け出した。地獄に着いて状況を知り、時空トンネルを破壊しようとした鬼太郎の前に、宋帝王が立ちはだかり、その正体である初代ドラキュラ伯爵の姿をあらわす。親友バックベアードに頼まれ、数十年前に地獄に潜入して宋帝王に成り代わり、血の池地獄の力を吸収していたのだ。無限の超回復力を持ったドラキュラ伯爵には、髪の毛針や体内電気や指鉄砲など鬼太郎の技が全く通じない。

本物の宋帝王を助け出そうとする五官王たちの前にドラキュラ三世とザンビアが立ちはだかる。鬼太郎は地獄の究極奥義武頼針を発動して戦うが、それでも初代ドラキュラ伯爵とは互角だった。そこに閻魔大王があらわれる。本物の宋帝王と五官王が代わりに地獄の力を抑えて、動けるようになったのだ。閻魔大王が放つ真の獄炎乱舞によって、初代ドラキュラ伯爵は倒され、西洋妖怪も一掃された。ネコ娘とねずみ男は改めて閻魔大王から鬼太郎の協力者として働くよう任命される。一方、西洋妖怪はヨナルデパズトーリが新たな策略をめぐらしていた。