天気の良い日、静岡県の浜辺で波小僧が海に浮かんでいると、急に空が黒雲に覆われ海が荒れ始めた。海で死んだ者たちの霊から生まれた妖怪、猛霊八惨があらわれたのだ。猛霊八惨は漁船をおそい、漁師を海に引きずり込んで自分たちの仲間に変えてしまう。怖ろしさになすすべもなく立ちすくむ波小僧の前に、一反もめんに乗った岩魚坊主があらわれ、その神通力で猛霊八惨を岩に変え、漁師たちを元に戻した。一部始終を見ていた波小僧は岩魚坊主に弟子入りを頼み込むが、断られてしまう。

岩魚坊主は徳の高いお坊さんで、目玉おやじに頼まれて妖怪寺の法事でお経を上げるために妖怪横丁に招かれていたのだ。波小僧は両親を猛霊八惨に殺されており、岩魚坊主の元で修行して、自らの弱気を克服し、強くなって仇を取りたいと考えたのだ。理由を聞いた目玉おやじは、岩魚坊主に波小僧を弟子にするよう口添えする。それには、岩魚坊主のせっかちで短気な性格を直すという意図もあった。岩魚坊主は弟子入りを認め、岐阜県にある自分の寺に波小僧を連れて行く。鬼太郎、ネコ娘、かわうそ、アマビエは波小僧の様子を見に行くのだった。

波小僧は掃除を楽にしようとして波を起こして寺を壊してしまった。庭にある塔に祀られている岩が水に濡れると、封じ込めた悪霊が元に戻ってしまうので怒る岩魚坊主。目玉おやじの進言と波小僧がお詫びに岩魚を取ってきたため、修行を続けられることになった。修行の甲斐あって妖力をコントロールできるようになった波小僧は、岩魚坊主を父のように慕い仲良く暮らすようになる。だがある晩、悪霊を封じ込めた岩が水に濡れ、悪霊たちが逃げ出してしまう。波小僧が慢心して悪霊を開放したと思い込んだ岩魚坊主は、波小僧を破門するのだった。

故郷の海に戻った波小僧は、猛霊八惨が悪霊を仲間にして巨大な妖怪水車を作り陸地をおそおうとするのを見て、勇気をふるって立ち向かう。そこに誤解を解いた岩魚坊主が駆けつけた。悪霊が逃げ出したのは猛霊八惨のせいで、波小僧はそれを防ごうとしたのだ。妖怪水車には鬼太郎も歯が立たない。協力して妖怪水車に立ち向かう波小僧と岩魚坊主の胸に、妖怪四十七士の紋章が浮かび上がった。波小僧が大波を起こし、それを岩魚坊主が岩に変えて妖怪水車と激突、そこに鬼太郎の体内電気が決まって、妖怪水車と共に猛霊八惨は倒されたのだった。