沖縄では、家の屋根や軒先にシーサーの像が飾られ、人間を守ってくれる良い妖怪として神様のようにあがめ祀られていた。一方、ハブをもおそう毒蛇であるアカマタは恐れられ嫌われていた。バカンスで南方妖怪と一緒に沖縄に来ていたアカマタは、久しぶりの故郷を懐かしく思い、昔からの友達だったシーサーに会いに出かける。だがシーサーは、妖怪四十七士になった自分の許可なく沖縄に入ることは許さないと冷たく言い放った。昔あんなに仲が良かったシーサーに、実は嫌われていたと思ったアカマタはショックを受け、沖縄を離れようとする。

シーサーから妖怪四十七士に覚醒したという手紙をもらって現地に向かう鬼太郎たちは、アカマタに道案内を頼んだ。途中、ガジュマルの樹の根元にキジムナーがいないことをいぶかしがりながらもシーサーの元に着いた鬼太郎たちを赤い木の根がおそう。ネコ娘と一反もめんが捕らえられ、精気を吸い取られてしまう。間一髪、鬼太郎を救って身代わりになったのはアカマタだった。シーサーがあんな態度を取ったのには何か裏があるに違いないと思って戻ってきたのだ。本来の姿になって暴れるシーサーとやむなく戦う鬼太郎だったが、歯が立たない。

アカマタは赤い木の根から逆に精気を吸い取って脱出し、シーサーを止めようとする。赤い木の根の正体は、千年前に封印されたはずの妖怪、吸血樹だった。キジムナーを人質にし、抵抗できないシーサーに毒液を注入して操っていたのだ。それを知ったアカマタはシーサーから毒を吸い出して救おうとする。暴れるシーサーにしがみついたアカマタは、ボロボロにされながらも、正気に返すことに成功した。だが吸血樹は実を成らせ、子供を大量に生み出して鬼太郎たちをおそわせる。あまりの数の多さに、鬼太郎もアカマタも追い詰められてしまった。

周りを取り囲まれた絶体絶命の危機に、アカマタは残った妖力を全て鬼太郎に託す。するとアカマタの手に妖怪四十七士の紋章が浮かび上がった。アカマタが沖縄代表の二十人目の妖怪四十七士だったのだ。アカマタの妖力を得た合体技で、鬼太郎は吸血樹をたおすことができた。実は吸血樹の封印を解いたのは日本を狙う西洋妖怪の魔女ザンビアだった。シーサーやキジムナーに迎え入れられたアカマタは、南方妖怪たちと別れ、故郷の沖縄に残ることにする。そして鬼太郎に、普段はライバルだが助けが必要な時はいつでも呼ぶように告げるのだった。