ねずみ男は船上で妹が消えたという少年・賢一の話を聞き、お礼目当てに鬼太郎を担ぎ出した。鬼太郎たちはまんまと口車に乗せられ、イカダで海へ乗り出してゆく。鬼太郎たちは沖合で船幽霊に出くわした。彼らは海座頭に魂を奪われた人間たちで、沈没船から宝を集めて海座頭の財産を増やすため操られていたのだ。その中には賢一の妹・フミ子もいた！