公園の噴水が意思を持った生物のように動きだし、人間を飲み込むという事件が起きた。犯人は水神使いと名乗る奇怪な男で、水神を持ち去った深谷という男を捜していた。全滅したヒマラヤ遠征隊の生き残りである深谷は、水神が液体生物と見抜き、研究のために持ち帰ったまま行方をくらましていたのだ。鬼太郎は水神使いに立ち向かうが、犠牲者は一人、また一人と増えてゆく…。