沖縄のホテルから、助けを求める手紙が鬼太郎のもとに届いた。妖怪が出現するせいで、お客が減って困っているらしい。どうやら妖怪たちは、13階に宿泊しているようだ。ホテルの支配人・金城は、たとえ妖怪でもお客だからと追い出すことに反対する。じつは開発によって森を追い出されたシーサーやキジムナーたち沖縄妖怪が、ホテルに逃げ込んでいたのだ。鬼太郎は金城支配人に協力して、ある計画を実行に移す。