増殖したクロノウストの影によって、石化された魔法界の人々。
さらに、ジュンやケイ、エミリーまでもが石にされていたことを知ったみらいたちは、次なる被害を防ぐべく、再びナシマホウ界へ戻ることにする。

ヤモーの魔法でみらいたちが津成木町に移動すると、どうやら魔法界が襲われたのと同じ頃にナシマホウ界でも新たな失踪事件が起きていたらしい。
なぜクロノウストは二つの世界で活動できるのか……？
みんなで考えを巡らせる中、みらいは一つの可能性を思いつく。
クロノウストは魔法界と津成木町の間にある「狭間の世界」に潜伏しているのではないか、と――。

一同が狭間の世界に行ってみると、力を集め終えたクロノウストが今まさに目覚めようとしているところだった。
みらいたちは変身してその覚醒を阻もうとするが、ヤモーがプリキュアを裏切ろうとしたことで戦況は混迷を極めていく。
そんな中、クロノウストが「時の全てが停止する」と呟いて……？