津成木町の住人を次々に襲い、石像に変えていくクロノウストの影。
事情を知らない人々の間でも、それは「謎の失踪事件」として少しずつ話題になっていた。
駆け出し記者のケイは、事件について調べる中でみらいとリコ、そしてことはが関係していくことに気づき、ジュンやエミリーと一緒にみらいたちに会いに行こうと考える。

一方そのころ、みらいたちは魔法界を訪れ、ことはがキュアフェリーチェに変身したことを校長に報告していた。
事件を解決するにはクロノウストを止めるしかない――そう考えた一同は、かつてはプリキュアと敵対していたバッティたちとも協力して、クロノウストに立ち向かう決意を新たにする。

だが、その直後、今度は魔法界にクロノウストの影が出現。
プリキュアはバッティたちと協力してクロノウストの影を退けようとするが、増殖したクロノウストの影は魔法界中を石像に変えてしまうのだった……。