ネポスから命からがら地球へ戻ってきた翔悟達を出迎えたのは、偶然ロサンゼルス研究所に派遣されていたアンナであった。東尾やイアンたちに窘められつつも、無事の帰還を報告するルーク。だが、ワイバーン・クルードのレアメタルボーン化によってコクーンは破壊されており、新たなコクーンが完成するまでは、安全のためバリアの装備された研究所内で過ごすことになった。一方、ケルベロス・レボルトは、クルード、シュトルツがネポスに残っているため、自らが地球に侵攻することはできず、配下のホークに、ある力を持たせて出撃させるのだった。コクーンのない中、ピンチに陥る翔悟達。新たなコクーンのデータを受け取るため、翔悟は国際宇宙ステーションに滞在する開発責任者と通信することになるのだが……!?