ストーリー

かつて神と悪魔が戦ったという言い伝えの数々は、地球に飛来したトランスフォーマーのプリテンダーと呼ばれる種族が戦うのを見た人間が、伝説や神話として後世に残したものだった。正義を愛するサイバトロンプリテンダーは憧れの生命体である人間に擬態し、一方のデストロンプリテンダーは、人間を支配するため、人間たちが恐れる怪物の姿に擬態した。そして時は過ぎ、封印したデストロンが復活を果たし、現代の世界によみがえってしまった。この事態を予想していたサイバトロンのメタルホークは、秀太、キャブ、ミネルバら子供たちにトランステクターを与え、ヘッドマスターJr.として協力してもらうことにした。ところがデストロンも、奪ったトランステクターを悪の心を持った少年たちに与え、自らの配下にしてしまった。さらに宇宙のエネルギー・天超魂、地球のエネルギー・地超魂、人間が持つエネルギー・人超魂の3つの力を持った戦士・ゴッドマスターが両軍に加わり、戦いは熾烈を極めてゆくのだった。