ゲキドラーゴを倒し、二つ目のプリズムストーンをとり戻したなぎさとほのか。反対に二つ目のプリズムストーンを奪われたドツクゾーンは、すぐに次の刺客・ポイズニーを送りこんでくる。悪知恵の働くポイズニーは、二人の性格の裏を突く作戦に出る。「新発売のチョコレートでーす！」なぎさの大好物はチョコレート。単純ななぎさはすぐに引っかかり、新製品のキャンペーンガールを装ったポイズニーからまんまとメップルのコミューンを盗まれてしまう。そんな事とはつゆ知らず、家に帰ったなぎさはザケンナーの襲撃にあう！なんとかザケンナーを撃退するも、危機を察してほのかの元に走る…「ほのかが危ない！？」

図書館のベンチでお年寄りに声をかけられるほのか。優しいほのかはすぐに老婆と仲良くなるが、話している内に不思議な花畑に迷い込む。そこには憧れの科学者・ブレキストン博士が！！その上博士はミップルを貸して欲しいと言ってきて…？？フラフラとミップルを差し出すほのかに、老婆の目が怪しく光る…しかし、「どうしたの、ほのか」突然声を掛けられ正気に戻ると、そこには祖母のさなえが。なぎさに伝言を受けたさなえは、孫の身を案じて探しに来ていたのだ。ポイズニーの変身した老婆に一早くきずいたさなえは、穏やかに詰め寄る。「あなたは一体何者なんです？」さなえに見破られたポイズニーは正体を現し、力ずくでミップルを奪おうと迫る！

ザケンナーをとり付かせた人々を使い、さなえとほのかを引き離すポイズニー。大勢の人にもにくちゃにされ、とうとうミップルがほのかの手から滑り落ちてしまう！駆けつけたなぎさもミップル救出に向うが、人々の上を流されたミップルは座り込んでいるさなえの元に！そこにコミューンを求めて群集が殺到するが…「おやめなさい！」なんとさなえは気合一閃して群集を蹴散らしてしまう！驚くなぎさとほのかをよそに、ポイズニーの攻撃までかわすさなえ。コミューンの力が関係している様だけど…？ミップルを守り通したものの、メップルがいなきゃ変身できない二人。一体どうすればいいの！？

ポイズニーの手の中で、握りつぶされそうなメップル。身動きが取れず、絶対絶命のピンチに焦るなぎさ達に、気を失って倒れたさなえの言葉が届く。「仲間と自分を信じて…」はっとするなぎさ達。すると、「なぎさー！！」実体化したメップルがポイズニーの手から自力で脱出に成功！変身して、いざポイズニーと戦おうとするが…敵の姿は無く、残っていたのはザケンナーにとり付かれた人々。レインボー・セラピーで人々を元に戻し、さなえも元気に帰っていくが…「おばあちゃま、私達の事きずいたかも…」何も変わらない、普通の生活を望むほのか。自分達がプリキュアになった事を、いつか誰かに知られてしまったらどうなっちゃうの…？