なぎさの憧れる藤Pこと藤村君は、サッカー部のエース兼キャプテン。その容姿も手伝って、練習中は女の子の声援が絶えない。なぎさもこっそり練習を見に行くが、他を圧倒するテクニックに驚くばかり。そんな中、グラウンドに謎の少年が現れる！なんと少年は転がってきたボールを華麗なテクニックで操り、一人ゴールに切り込んでいったのだ！次々と抜かれる部員達を尻目に、藤Pに迫る少年。一対一の勝負になるが、少年は藤Pをも抜き去ってシュートを決めてしまう！呆然とするなぎさ達や部員をよそに、藤Pはさわやかに尋ねる…「君は？」友好的な笑顔で答える少年の名はキリヤ。転校生として学園に潜り込んだポイズニーの弟だった…

藤Pを抜いたというキリヤの噂はあっという間に学園中に広まり、ほのかの所属する科学部にも“噂の転校生”として伝えられる。「ほのかも観に行こう！」騒ぎ出す部員達だが、科学部員・ゆりこはそんな部員を叱咤する。彼女がムキになる理由はただ一つ、来る科学研究発表会で最優秀賞を取ること。その為にはほのかの力が必要不可欠であり、転校生などにかまってはいられないのだ！！「ほのかなら、絶対に最優秀賞をとれるわ！」雷の発生をヒントに小さな地球を作るというこの実験。着々と準備が進み、キリヤにも邪魔される事無く発表会当日を迎えるが…

「私がしっかりサポ－トするから！！」緊張しているゆりこと余裕そうなほのか。大会当日はなぎさや、クラスメートの夏子と京子も応援にやってくる。「なぎさ先輩！」キリヤもやってくるが、なんと一緒に来ていたのは藤P！話のなりゆきから、一緒に発表会を見学する事になったなぎさと藤Pだが、なぎさは緊張で発表会所では無い。そうこうするうちにほのかの出番になるが、実験装置を動かそうとした瞬間マシンが暴走をはじめる！会場に潜んでいたポイズニーがザケンナーを呼び、マシンに取り付かせてしまったのだ。なんとか人々を避難させ、プリキュアに変身した二人だが、ザケンナーの前に避難したはずのゆりこが立ちはだかって…！？

ゆりこの登場に当惑する二人に、訴えるゆりこ。「皆で一生懸命作ったの！お願い、マシンを壊さないで！！」しかし、ザケンナーはそんなゆりこを巻き込んで、二人に攻撃を始める。気を失う寸前まで、マシンを壊さないでと訴えるゆりこ。しかし、ザケンナーを放って置く事はできない…「ほのか…」「大丈夫！」装置を壊す覚悟を決めて、マーブル・スクリューを放つ二人。ザケンナーは逃げ出し、装置も無事だった様子。何とか発表会が再開され、実験も無事成功する。マシンには「YURIKO一号」という名前まで付けられて、発表会は大成功を収めるが…夏子と京子、二人がプリキュアの戦いを観ていた事は、誰も知らない…。