ある日、怖い夢を見て目を覚ましたシロップに、プリキュアあての手紙が届きます。その手紙を渡されたのぞみたちでしたが、中に入っていたのは「ホットケーキのかけら」と「植物のツル」、そして「模様のついた紙切れ」でした。お花屋の娘であるりんによって「植物のツル」は時計草のツルだということがわかりましたが、他のことはまるでわかりません。しかしメルポから出てきた手紙には必ず意味があるはずだと思ったのぞみたちは、この手紙の送り主の言いたいことを知るためにも、手紙に隠された不思議な謎を解くことを「けって～～い！」するのでした。

まず、のぞみたちはもう一度、送られてきたものを調べなおしてみましたが、そこには「V」の文字が書いてありました。でもよく見ると、それは書いた文字ではなく、何かでつけられた跡のようです。謎は深まるばかりでしたが、のぞみは「模様のついた紙切れ」に残された匂いから、それが新装開店された時計塔というクレープ屋さんのチラシの切れ端だということに気付きました。二つの謎の共通点が「時計」だったことから、みんなは町のシンボルの時計塔へと行ってみることにします。しかしここで寝泊りをしているシロップでさえ、手紙の送り主が誰かはわかりません。そこへ突然、スコルプが現われました！

スコルプは、時計塔の鐘をエターナルのコレクションに加えようと、ホシイナーで時計塔ごと奪おうとするのでした。当然のぞみたちはプリキュアに変身して、時計塔を守ろうと戦います。そんな時、突然現われたシジュウカラが、果敢にもスコルプに戦いを挑みました。実はこのシジュウカラが手紙の送り主だったのです。シジュウカラは時計塔に作った巣にいる自分のヒナを助けてもらおうと、プリキュア5に手紙を送ったのでした。「V」の字は、実はシジュウカラのクチバシの跡だったのです。町のシンボルである時計塔を守るためだけでなく、シジュウカラの巣を守るためにもプリキュア5は必死で戦うのでした。

そしてプリキュア5の活躍でホシイナーは倒され、時計塔は無事に守られるのでした。最後に残った謎の「ホットケーキのかけら」は、どうやら「ほ・とけい・き」ということだったようです。無事に事件も解決して安心したシロップから、怖い夢の話をのぞみは聞きました。そこでのぞみは、シロップに今度怖い夢を見たら、自分に手紙を出してほしいと言います。夢の中に入ってシロップの手を引いて助けるというのぞみの言葉を、シロップはとてもうれしく思いました。そんな時、またしてもミルクの手紙がいっぱいやって来ます。仕方ないと思いながらも、心が晴れたシロップの足取りは軽くなっていたのでした…