普通の生活に戻ったなぎさとほのか。最上級生になり、新たな年度が始まって新鮮な気持ちではいるものの、役目が終わって眠りについたメップル・ミップル・ポルンのことだけは寂しく感じていた。一方、ようやく平和が戻った光の園では、クイーンに衝撃的なことが起こりつつあった。ジャアクキングが倒された際に発した最後の一撃により、大きなダメージを受けてしまっていたのである。ジャアクキング同様、『命の交替』…つまり生まれ変わろうとしていたクイーンは…

クイーンを構成する三つの要素…「生命（いのち）」「心」そして「12のハーティエル（12の志）」はそれぞれ散っていってしまった。長老と番人はそれらを再び集め、クイーンを復活させたいが…。一方、なぎさとほのかは、帰り道の雑踏の中でひとりの少女を目撃した。年齢は同じくらいだろうか、どこか不思議な雰囲気を漂わせている。彼女はすぐに姿を消してしまうが、その姿は二人の中に妙な印象深さを残す。

謎の少女に気を取られていたなぎさとほのかを、またあの「現象」が襲った！　突然二人を包む闇の異空間、さらに立ちふさがるザケンナー。今の彼女たちに変身能力はなく、戦う力など持ち合わせていないため、たちまち窮地に立たされてしまう。だが眠りについていたはずのメップルとミップルが再び目覚め、反撃！　コスチュームも新しくなったプリキュアに変身すると、パワーアップされた戦闘能力、そしてプリキュア・マーブル・スクリュー・マックスで撃退に成功する。

自宅に戻ったなぎさは、光の園からやって来た長老と番人に驚かされていた。ポルンも目覚めていて、嬉しいやら驚くやら！？ほのかも交え、今日の事件の真相を話す長老たち。クイーンを復活させなければならないこと、そのクイーンが虹の園にいるということ…。そんな一同の前に現れるひとりの妖精…。その妖精こそ12のハーティエルのひとりだった！一方、闇の館にもひとりの男の子が現れる。チビとノッポのザケンナーは、その男の子に礼儀正しく挨拶する…「お帰りなさいザケンナー」と。