「あなたは光・・・命を持つすべての者の光。あなたには出逢いが待っています。二人との出逢いが待っています・・・」自分が何者なのか、どこにいるかさえ解らない少女は、そんな謎の声に導かれていた。その頃、なぎさたちは新たな使命の重さを思い知らされていた。「生命・心・12のハーティエル」という3つの要素に分散してしまったクイーンを元に戻すこと、突然復活したザケンナーとの対決…。しかも12のハーティエルのうちのひとり、「志」のシークンを保護したものの、シークンはクイーンの手がかりを何一つ持っていない。

今はプリズムストーンのパワーでどうにかその存在を保っている光の園。しかし再び闇の力が増大すれば、いつ深刻な事態に発展しないとも限らない…。そんな深刻な話をしていた最中、シークンがひとり外へと出て行ってしまった！　どうやらクイーンの手がかりを嗅ぎつけたようで、なぎさたちに何も告げずに姿を消してしまったようなのである。さらに再び2人の前に現れる、あの不思議な雰囲気を漂わせた少女。彼女は二人にこう言った、「私…あなたたちを知っているような気がする…」。そして、メップルやミップルも、この少女に不思議な懐かしさを感じていた。

不思議な雰囲気を持つ少女はベローネ学院の新入生だった。名前は「九条ひかり」、アカネの親戚の子らしい。おとなしくて純粋…そんな雰囲気を持つ、とても素直そうな娘だ。なぎさとほのかは、そんな彼女と早くも友達になる。同じ頃、変化は闇の世界にも及んでいた。闇の館に突然現れた無邪気な少年、そして新たに生まれた戦士…。シークンと再会したなぎさとほのかは、早速その新たな闇の戦士とザケンナーに襲撃される。だがプリキュア・マーブルスクリューMAXでザケンナーを撃退したプリキュアが気付くと、そこに戦士の姿はすでになかった。

「我らはあなたの力となるべく参りました。あなたを本来いるべき場所へ導くために。まず、この世界から光を消して見せます」…闇の館に現れた新たな戦士とその仲間たちは、ただ不思議そうに彼らを見上げる少年にそう告げた。一方、新たな闇の戦士の登場に、なぎさとほのかも不安がっていた。それにしても、あの戦士はクイーンの存在を嗅ぎ取っていたらしいが、それは傍にいたシークンだったのか…それともなぎさたちが捜し求めるもっと別の「何か」なのか…!?　新たな使命はまだ始まったばかり。謎も疑問も深まるばかりだった。