前回の戦いで、ついに洋館の少年が闇のパワーを発揮した。それは闇の勢力が思い描いているような、順調な『成長』なのか?　それとも、ひかりの『光のパワー』にただ触発されただけなのか…？　現状を把握しているのはバルデスただひとり。「復活の時が近付いているのか…？」…戸惑う仲間たちの想いをよそに、バルデスだけはじっと様子を伺う…。一方なぎさとほのかは、ようやくキャプテンや部長といった責任ある立場を後輩に譲り渡し、奮闘する後輩たちの姿をいち先輩として眺めていた。

いくら部を引退した身とは言え、後輩たちを何かと気にかけるなぎさ。そして後輩たちもまた、なぎさを『キャプテン』と呼んでしまうなど、まだ何かしっくりとこない様子。部を離れて間もないせいか、まだ引退した実感が湧かない…なぎさも後輩たちも、そんな心境なのだった。そんななぎさやほのかの頭をよぎるのは、キャプテンになったばかりの、そして部長になった直後の自分たち…。なぎさは、先輩に叱られてばかりだったのが、突然キャプテンに抜擢されて「ありえない!!」と戸惑った。ほのかもまた、科学部を任されることになった時、自分がナゼ科学部にいるのかを悩んだ…。

悩み、苦しみ、葛藤し…それでも成長し、自分たちのスタイルを確立させていった日々…。そんな懐かしい日々を追想していたなぎさに、新キャプテンのマキが相談にやって来た。「自分なりにガンバっているつもりでも、チームは自分の気持ちとは反対にバラバラになっていくような気がする…」…マキはすっかり自信を失っている様子。だがそんな彼女に、なぎさは優しくアドバイスした。「自分もキャプテンになったばかりの頃は、同じ悩みを抱えていた」…と。そして、自分なりのやり方でガンバればいいと励ます。

「明日の3時に、学校に来て欲しいんだけど」…なぎさとほのかが、志穂・莉奈・ユリコにそう誘われたのは、そんなある日の出来事だった。理由も告げられず、ただ不思議がるなぎさとほのか。そして彼女たちを学校で待っていたのは…何と、両部合同の『ありがとう会』だった!!　『追い出し会』にはまだ時間があるものの、それまでに元キャプテンと元部長に、後輩たちから「ありがとう」を伝えたかったのである。だが、その余韻も打ち消す『変化』が…。プリキュアと共にザケンナーを撃退したひかりが、不吉なプレッシャーを感知したのだ!!