ちびうさの心の結晶を取り込み、ほたるはミストレス9として目覚めてしまった。ついに始まってしまった世界の沈黙を阻止するため、ちびうさとほたるを救うため、セーラームーンたちは無限学園に向かった。一方、ウラヌスたちも、ミストレス9を滅ぼすために無限学園に向かう。だが大量のダイモーンに守られた無限学園への進入路を見いだせないセーラー戦士。ところがミストレス9によって、セーラームーンがさらわれてしまった。