悪の皇帝ピエーロが、地球よりも大きな闇のかたまりになって襲ってきました。でも、相手がどれだけ大きくてもプリキュアたちはあきらめたりしません。プリキュア・ウルトラロイヤルレインボーバーストでピエーロに向かっていきます。しかし、巨大化したピエーロには、その決め技も通用しませんでした。しかも、ピエーロに跳ね返されたショックで変身がとかれ、さらにスマイルパクトはその力を失ってしまいます。どうすればいいかわからなくなるみゆきたち。その姿を見たピエーロは、余裕の表情を見せて笑いました。

このままでは世界がバッドエンドの闇に包まれてしまいます。でも、みゆきたちの思いに応えて、ミラクルジュエルが最後の力を発揮しました。これでプリキュアに変身できると喜ぶみゆきたちでしたが、キャンディとポップの顔が暗くなりなります。それは最後の力を使うとミラクルジュエルは消えてしまい、この世界とメルヘンランドのつながりがなくなって、みゆきたちとキャンディはもう2度と会えなくなってしまうからでした。大好きな友だちであるキャンディと会えなくなると知って、思わず泣き出してしまうみゆきたち。

どうしたらいかわからなくなって泣き出すみゆきたちに、泣くことを我慢しながらキャンディが言いました。大事なことは自分で決める。その言葉を聞いて、みゆきたちは自分を取り戻します。どんなにつらくても前に進むこと、そしてどんなに離れていても友だちとは心と心でつながっていること、そのことを忘れてはいけなかったのです。こうして絶望を乗り越えたみゆきたちはふたたびウルトラプリキュアに変身すると、ロイヤルキャンディと一緒にプリキュア・ミラクルレインボーバーストでピエーロに向かっていきました。

プリキュアとキャンディの希望の光が、ピエーロの絶望の闇を消し去りました。こうして世界は平和を取り戻し、プリキュアの本はハッピーエンドになります。喜ぶみゆきたちでしたが、キャンディとポップとの別れはすぐにやって来ました。泣き出すキャンディを笑顔で見送るみゆきたちでしたが、キャンディの姿が見えなくなると我慢できずに泣き出してしまいます。その後、いつもと同じ平穏な生活を送るようになったみゆきたち。でも、いきなりキャンディがみゆきたちの前に、ふたたび姿を現しました。大喜びするみんな。こうして今の幸せを存分に感じるみゆきたちは、今日も最高にウルトラハッピーです。