調べの館から美しいパイプオルガンの音色が響き、その音に音符たちが反応していた頃、マイナーランドではメフィストが、メイジャーランドではアフロディテが、それぞれなかなか音符が集まらないと気をもんでいた。翌朝早く、興奮気味のハミィが無理やり響を起こす。なんと加音町にたくさんの音符の気配がするというのだ。響と奏に虫網を持たせ音符集めを手伝ってもらおうといつになく意気込むハミィ。響と奏はそんなハミィの期待に応えようと必死で見えない音符を集めるのだった。

ハミィの力で音符が見えるようになった響と奏は、音符がたくさん集まる公園で音符集めをする。そこを通りかかった奏太が、虫網を振り回している二人に何を集めているのかしつこく尋ねてくるので困ってしまう。しかし奏太と一緒にいたアコの言葉でなんとかその場を逃れることができた。その頃、セイレーンたちもまた、たくさんの音符を前に必死になって集めていた。音符を一番たくさん集めたらリーダーになれる、という競い合いをするセイレーンとトリオ・ザ・マイナーたち。

ベンチで休憩の響と奏。早起きして眠くなってしまった響は奏の肩にもたれて眠ってしまう。そんな響と奏を、通りかかった王子先輩が「二人は本当に仲が良い」と言うのだった。すると、どこからか聞こえる音色に引き寄せられるように音符たちがフワフワと飛んで行く。その音は調べの館から聞こえるパイプオルガンの音色だった。調べの館の前でセイレーンたちとはち合わせする響たち。セイレーンは響たちが集めた音符を横取りしようとネガトーンを出現させる。プリキュアに変身した響と奏はネガトーンに捕らえられ大ピンチ。トリオ・ザ・マイナーは響たちが集めた音符を奪おうとする。

その時、音吉さんの演奏するパイプオルガンの美しい音が辺りに響きわたる。そして現れるキュアミューズがトリオ・ザ・マイナーから音符を奪い、美しい音色に勇気付けられたメロディとリズムは決め技で一気にネガトーンを撃退するのだった。セイレーンたちはパイプオルガンの音色におびえつつその場を去る。と、なぜかキュアミューズは持っていた音符を全て逃がしてしまうのだった。調べの館で音吉の弾くパイプオルガンを聞く響と奏。すると音吉はパイプオルガンの音色はまだまだ未完成であり、「いそいで完成させなくては世界が大変なことになる」と言うのだった。