メイジャーランドのアフロディテのもとに、バスドラとバリトンを捕らえた女騎士が現れる。しかしその女騎士はファルセットだった。ファルセットはアフロディテをマイナーランドへと連れ去ってしまう。その頃、調べの館でパイプオルガンの完成を目指す音吉と響たちのもとにファルセットから通信が入る。アフロディテを返して欲しければモジューレを持ってマイナーランドに来いというファルセット。響たちはメフィストとともに、モジューレを渡すことなくアフロディテを助け出そうとマイナーランドに行く決意をする。

マイナーランドにやってきた響たち。そこにはトリオ・ザ・マイナーとノイズに捕らわれたアフロディテがいた。モジューレを渡してはならないと言うアフロディテだったが、響たちはファルセットと自分たちの間にモジューレを置き、アフロディテを渡すように言う。ところがひきょうなファルセットはモジューレだけを奪おうと、響たちを吹き飛ばしてしまう。しかし間一髪、ファルセットからモジューレを取り戻したハミィは響たちにモジューレを投げると、受け取った四人はプリキュアに変身！

捕らわれていたアフロディテを助け出したメフィストだったが、ノイズの力で悪の心を宿したバスドラとバリトンが襲い掛かる。一方、ファルセットに向かってゆくプリキュアたちだが、その破壊力を前に弾き飛ばされてしまう四人。メフィストはバスドラとバリトンに語りかけるが、ノイズに悪の心を植えつけられた二人の耳には届かない。トリオ・ザ・マイナーを悪の道に引き入れたことを悔やむメフィストはバスドラとバリトンから悪のエネルギーを吸い取ると、そのまま自分ごと悪のエネルギーを滅ぼそうとするのだった。

ファルセットに立ち向かうプリキュアだったが、その力の前にあえなく倒れこんでしまう。余裕のファルセットとノイズは、アフロディテにとどめをさすようバスドラとバリトンに命ずるも、その命令に心が揺らぐ二人。それを見たファルセットは、自らアフロディテにムチを振るう。が、その攻撃を体を張って食い止めるバスドラとバリトン。怒ったファルセットはバスドラとバリトンに攻撃を続ける。見ていたプリキュアはバスドラとバリトンを助けるためにモジューレをファルセットに差し出すと、ついに全ての音符が集まり、不幸のメロディが完成してしまうのだった。