地上世界を石に変えてしまったノイズはファルセットをつれてメイジャーランドへと向かうと、今度はメイジャーランドの人々や妖精を石に変えてしまう。しかしアフロディテがいる宮殿の周りだけはノイズの力が及ばずにいた。宮殿でメフィストの看病をしていたアフロディテは恐ろしいノイズの力を見ると、プリキュアにこのことを知らせるようにとオウムを使いにやる。ノイズに一人で立ち向かうアフロディテ。そのころプリキュアたちは地上世界からメイジャーランドへと向かっていた。

ノイズの圧倒的な力を前に宮殿を守るアフロディテのバリアが崩れたその時、メイジャーランドにプリキュアが駆けつける。ノイズはプリキュアとともに現れたクレッシェンドトーンと決着をつけようと、かつてクレシェンドトーンや音吉と戦った過去を悔しげに語り始める。音吉によって魔響の森に封印されたノイズは、メフィストを操りマイナーランドを作らせると、世界中から全ての音を消し去ろうとたくらんでいたのだった。ノイズの身勝手な考えに怒りをあらわにするプリキュアたち。

ノイズはプリキュア4人を黒いパワーで吹き飛ばしてしまう。しかし必死で立ち上がるプリキュアはそれぞれの技をノイズへとぶつけてゆく。しかしその攻撃を簡単にはじき返すノイズ。さらにプリキュアを攻撃しようとするノイズの前に現れたのは音吉だった。音吉はノイズに対抗するためにパイプオルガンを演奏すると、その調べを聴いたノイズがもがき苦しみ始める。プリキュアはこの時とばかりにクレッシェンドトーンとともにノイズに向かってゆくのだった。

しかし音符の力を吸収しパワーを増したノイズはクレッシェンドトーンとプリキュアを吹き飛ばすと、音吉を石にしてしまう。くじけそうになるプリキュアを励ますクレッシェンドトーン。自分たちの力を信じるようにと伝えるクレッシェンドトーンの言葉に、みんなを守るという気持ちを新たにしたメロディたちは4人の力を合わせてノイズへと立ち向かう。ようやくプリキュアの前に倒れるノイズだったが、残ったその力でプリキュアを封印しようとする。しかし助けに入ったクレッシェンドトーンが身代わりとなり、音吉とともに石にされてしまうのだった。