アニマルタウンで「ツチノコ大捜索大会」が開催されるこの日、こむぎたちも大会に参加します。山はたくさん参加者でにぎわいますが、なかなか手がかりはつかめません。やがてお昼になり、メエメエがニコの卵の様子を見にやってきます。ところが話の最中、メエメエが卵を落とし、卵は穴の中に入ってしまいました。
キラリンハムスターの力を借りて小さくなったプリキュアたちは、飛び込んだ穴の中でニコの卵を見つけます。しかし近くにはガルガルの卵もあり、ツチノコ型のガルガルがあらわれました。ガルガルの力でプリキュアたちは次々と石にされてしまいますが、ヘビ似たツチノコをこわがっていたニャミーが勇気をふりしぼり、悟の協力もあってガルガルを元の姿に戻すことができました。
大会が終わり、けっきょく野生のツチノコは見つからなかった……はずなのですが、茂みにツチノコらしき生き物の尻尾を見かけたユキは、青ざめて叫び声をあげるのでした。