鬼太郎は目玉おやじの寝言のため、寝不足で、砂かけ婆に眠り砂を調合してもらうことにした。その晩、眠り砂のおかげでぐっすり眠れた鬼太郎だったが、不思議な夢を見る。少年と動物たちがスペースシャトルに乗って、宇宙遊泳をしているのだが、そこに妖怪があらわれて、夢を壊していくのだ。鬼太郎は止めようとして髪の毛針を撃つが、妖怪の能力でUターンさせられ、自分の腕にささってしまう。その様子を見つめる別の少年がいるのを意識したところで目が覚めたのだが、腕には髪の毛針がささっていた。ただの夢ではなかったのだろうか？

夢のことを目玉おやじに相談する鬼太郎。目玉おやじは古今東西妖怪大図鑑を調べ、妖怪まくら返しの仕業だと教える。まくら返しは夢を壊して楽しむ性質の悪い妖怪で、夢の中では鬼太郎の霊力も通じない強敵なのだ。その晩も、まくら返しは夢の中にあらわれた。大勢の人間と動物の観客の前でフィギュアスケートを披露する少女の夢を壊していく。まくら返しを止めようとする鬼太郎だったが、手も足も出ない。そしてその夢の中にも、先日見た少年がいた。鬼太郎はその少年を探すことにした。その少年、亮太は夢を壊された子供達の友人だった。

もっと深く眠って感覚を鋭敏にするために、砂かけ婆に秘伝の眠り砂を調合してもらうが、それをまくら返しにうばわれてしまい、妖怪横丁のみんなは眠らされてしまう。亮太は、人間と動物が仲良くできる動物園を作るのが夢だったのだが、父親が勤めていた動物園が閉園してしまい、夢を失ってしまった。そして友達の夢をうらやましく思う心がまくら返しを呼び寄せてしまったのだった。そこににまくら返しがあらわれ、鬼太郎と亮太は眠り砂で眠らされ、夢の世界に閉じ込められてしまう。夢の世界では鬼太郎の攻撃も全く通じず、危機に陥る。

だが、亮太の夢は失われていなかった。友達の夢の中に動物が出てきていたのは、亮太の夢をみんなが共有していたためだったのだ。夢の世界は、亮太の夢である動物園に変化する。まくら返しはその夢を壊そうとするが、一人ではなくみんなの夢だから壊せなかった。しかし夢の中であることはかわりなく、まくら返しの猛攻に押される鬼太郎。一計を案じた鬼太郎は、ある動物のところにまくら返しを誘導する。その動物とは獏だった。獏は悪夢を食べると言い伝えられており、まくら返しは獏に食われてしまう。こうして、みんなの夢は守られた。