ぬらりひょんと鬼太郎たちが戦っている最中、蛇骨婆は屋上から皆殺しの矢で鬼太郎を狙っていた。それに気付いた砂かけばばあは、矢を鬼太郎からそらす代わりに、自分の腕に傷を負ってしまう。それを見たぬらりひょんは、朱の盤とともに引き上げてしまった。鬼太郎は今回のぬらりひょんの行動に不審を抱く。実は、ぬらりひょんは一時的にバックベアードと手を組むことにして、皆殺しの矢を譲り受けていたのだ。一方、妖怪横丁に戻った鬼太郎たちは、熊本から来た妖怪アマビエと出会う。アマビエは蒼坊主に紹介されて、やって来たのだった。

アマビエは予言の能力を持ち、昔は大名や姫にチヤホヤされていたのだが、最近では知る人もいなくなっていた。蒼坊主は世間知らずのアマビエをそのままにしておくのは良くないと思い、妖怪横丁によこしたのだ。砂かけばばあはアマビエの面倒を見てやることにして妖怪長屋に住まわせるが、アマビエの傍若無人な言動と予言に、みんなは振り回されてしまう。その様子をねずみ男から聞いた目玉おやじは、アマビエには家族も仲間もなく神に近いといわれる孤独な妖怪なので、寂しさの裏返しでそういう行動を取るのではないかと鬼太郎に話すのだった。

アマビエは砂かけばばあが自分のことを思って叱ってくれる気持ちに温かいものを感じる。しかし、砂かけばばあが怪物になって長屋を壊すと予言してしまったため、怒った長屋のみんなに非難されて逃げ出してしまった。アマビエを探す砂かけ婆の身体に、突如異変が起こる。皆殺しの矢は西洋妖怪の呪いのアイテムで、傷を受けたものは悪霊に取り付かれ、その能力を暴走させてしまうのだ。砂かけばばあの触れたものは全て灰となってしまうその力に、鬼太郎も手を出せない。かわうそは隠れていたアマビエに、砂かけばばあを救うための予言を聞かせてくれと頼む。

砂かけばばあを思うみんなの気持ちをうけ、アマビエは水で砂かけばばあが救えるという予言を閃かせた。水に濡れたものは灰にはできないのだ。鬼太郎は水で濡らした霊毛ちゃんちゃんこで砂かけばばあをくるんで水中に落とし、悪霊と切り離すことに成功する。悪霊は水と一緒に鬼太郎に飲み込まれ、唾液で固められて踏みつぶされて滅んだ。ぬらりひょんは悪霊が破れさったことに驚き、バックベアードは鬼太郎を強敵と認め、自分の手で倒すことを決意する。みんなに受け入れられたアマビエは妖怪長屋で砂かけばばあと母娘のように暮らすことになったのだった。