ここ一ヶ月に10人の人間が原因不明の怪病で倒れ、魂を抜かれたような状態になっているという事件がおこっていました。ネコ娘は、自分がアルバイトしている店の常連客がその病気で倒れたので見舞いに行ったところ、妖怪の匂いをかぎつけたので、鬼太郎に知らせに来たのでした。その妖怪とは、夜叉（やしゃ）、おそるべき強敵です。以前、戦って倒したはずなのにと疑問に思う鬼太郎でしたが、目玉おやじは、夜叉は嫉妬や憎しみなどの醜い人の心から生まれた邪悪な鬼とも言われており、再びあらわれても不思議ではないと語るのでした。

ねずみ男が調べてきた被害者の共通点は、天才美少女バイオリニスト月野小夜子のファンだということでした。ねずみ男は怪事件専門の探偵としてマネージャーに売り込んでいました。変なことがないかという鬼太郎の質問に、小夜子は練習している時にギターの旋律が聞こえたと答えます。小夜子の家を見張る鬼太郎たちの前に、練習を聴きに来たファンと、ギターを奏でる人影があらわれます。夜叉と思われる人影を追おうとする鬼太郎ですが、操られたファンに邪魔されます。逃げた夜叉の妖気を追った鬼太郎は無人の部屋にたどりつきました。

部屋には取られた魂が保管されていました。魂を取り戻されて怒った夜叉が、小夜子を直接襲うかもしれないので、ソロコンサートの開催は危険だと言う鬼太郎ですが、ねずみ男はそれを逆に利用しようと考えます。ソロコンサートはネコ娘が変装して身代わりになっておこなわれました。小夜子は舞台の後ろでバイオリンを弾いています。そこにギターを奏でる青年があらわれ、ネコ娘を襲おうとします。逆襲するネコ娘に倒された姿は、魂を抜かれて操られていた単なるファンでした。そして、小夜子にとりついていた夜叉の本体が姿を現します。

操られたコンサート会場中のファンに襲われ、魂を抜かれそうになる鬼太郎。しかし相手が人間では戦えません。決して人間を傷つけないのが鬼太郎の弱点だと看破する夜叉。小夜子は、自分が死ぬかもしれないのに、操られている人間には攻撃しない鬼太郎の姿を見て、心を打たれ、夜叉を裏切ります。業を煮やした夜叉は、鬼太郎と直接戦いますが、体内電気でやられてしまいます。自分がバイオリンで一番になりたいがために、おそろしいことをしてしまったと後悔した小夜子は、夜叉の力で手にいれたものを、すべて返すことにしたのでした。