中川邦夫は別荘に住み始めてから、痛む痣ができ、夜な夜な金縛りにあって、日毎に体力を失う謎の症状に悩まされていた。毎日通ってくる結婚間近の恋人、綾野杏子の絵のモデルをしながらも疲れて寝てしまう始末。医者に診てもらっても原因が分からず、悩んだ末にチラシにあった妖怪探偵に連絡することにした。やってきたのはねずみ男と鬼太郎に変装したかわうそだった。たっぷりごちそうを食べてくつろいでいた2人は、邦夫の絶叫を聞いて部屋に駆けつける。するとそこには青白い光に包まれ、痣に精力を吸い取られている邦夫の姿があった。

ねずみ男はあまりの事態の異常さに、鬼太郎の力を借りることにした。邦夫のところにネコ娘と鬼太郎を連れて行くが、鬼太郎の姿を見た杏子は、異常に怖がりおびえだした。一旦、引き上げることにする一行。目玉おやじは杏子のことが気になっていた。突然、鬼太郎に異変が起きる。急に力が抜け、腕に邦夫のものと同じような痣ができていたのだ。その頃、杏子は部屋でスケッチブックに鬼太郎の肖像画を描いていた。その晩、寝ながら苦しむ邦夫に杏子が手をかけようとしていた。そこに助けに飛び込む鬼太郎。杏子は逃げて、姿を消してしまう。

混乱する邦夫に、鬼太郎は杏子は三年前にすでに死んでいることを伝える。昼間に調査していたのだ。そして杏子の正体を暴く方法の協力を頼んだ。次の日、何事もなかったように姿をあらわし、仮縫いのウェディングドレスを着て喜ぶ杏子に、邦夫は肖像画を描かせてくれと頼む。あらわれた画家は鬼太郎が変装した姿だった。106の質問をしながら霊紙に霊筆で点を描いていく鬼太郎。最後の質問とともに、杏子の背中から陰摩羅鬼（おんもらき）が姿をあらわした。霊紙に描かれた点を結んでいくことで、陰摩羅鬼を少しずつ封印していく鬼太郎。

だが邦夫は杏子が苦しんでると思い、鬼太郎の邪魔をする。その隙をついて、陰摩羅鬼は 鬼太郎に襲いかかった。まつられた祠の上に別荘を建てた人間の一族だから、邦夫に呪いをかけたのだと語る陰摩羅鬼。杏子は森に写生に来たために、一族の代わりに殺されたのだ。陰摩羅鬼が邦夫に止めを刺そうとした瞬間、杏子の魂がよみがえり、邦夫に妖怪を倒して欲しいと頼む。邦夫は霊紙に描かれた点を結び終え、陰摩羅鬼は倒されるが、杏子は元の死体に戻ってしまう。鬼太郎は杏子の墓に参りながら、人の命のはかり知れなさに思いをはせるのだった。