ねずみ男は、あるものを探して山奥をさまよっていた。それは、強大な妖力を持つという伝説の妖怪、姑獲鳥（うぶめ）の像だった。ついに発見した姑獲鳥の像に、民俗博物館から拝借してきた姑獲鳥の羽根を乗せることによって、姑獲鳥を復活させることに成功する。その妖力を利用して一儲け企むねずみ男だったが、姑獲鳥は言うことを聞かず、おそいかかってくる。山奥から街に飛び立った姑獲鳥は、子供のいる家に次々と足跡を残していった。足跡を記された家の子供は、赤子返りの術によって、だんだん赤ん坊のようになってしまうのだった。

ネコ娘は、井川家の息子、始の家庭教師のアルバイトをはじめた。甘やかされて育ち、母親を馬鹿にして、社会をわかったつもりで勉強なんて役に立たないとうそぶく始に対し、ネコ娘は世の中は自分の理屈で回っているわけではないと怒り、携帯電話やゲーム機を取り上げ、熱心に家庭教師の仕事に取り組む。一方、姑獲鳥の足跡を付けられた家の子供は、徐々に幼児化が進んで、ついには身体まで赤ん坊になってしまう。そうなった子供を姑獲鳥はさらっていき、また新たな子供のいる家に足跡を記していく。そして始の家にも足跡が付けられていた。

始が指しゃぶりをし、赤ちゃん言葉になってしまったので学校を休ませるという連絡を受けたネコ娘は始の家に出かける。バケローから深夜の連続児童行方不明事件が起こっているというニュースを聞いた鬼太郎と目玉おやじは怪しい気配を感じた。ネコ娘は始がまるで赤ん坊の様になってしまっているのを見て驚く。そこに姑獲鳥があらわれて、始を連れ去ろうとしたところに鬼太郎が助けに来た。始を取り返そうとする鬼太郎だったが、姑獲鳥に蹴られて赤子返りの術にかかって幼児化してしまい、一緒にさらわれてしまう。姑獲鳥の後を追うネコ娘。

昔、旅の途中で寒さと飢えで子供を失った母親の霊から生まれた妖怪である姑獲鳥は、自分の亡くなった赤ん坊を探すために子供をさらって、巣に集めていた。かけつけたネコ娘は説得をこころみるが、ねずみ男のヘマで誤解されて失敗する。千年石でできた姑獲鳥を倒すには体内にある羽根を焼くしかない。赤子返りの術にかかって母親を求める鬼太郎を一喝して目覚めさせたネコ娘は、協力して姑獲鳥を倒す。姑獲鳥の霊は成仏して赤ん坊と出会うことができた。助け出された子供たちは、母親がいることがどれだけ幸せなことかを思い知るのだった。