ストーリー

大宇宙を心のままにさすらう男、キャプテンハーロック。ヤッタランや台羽正といった船員たちと共に彼が乗り込むのは、宇宙船アルカディア号だ。ある時、操舵輪が勝手に動き出し、アルカディア号は航行不能に陥ってしまう。船は泣いているような声を上げながら、自力で地球へと向かってゆく。それはまるで、船の設計者である大山トチローの遺児・まゆの吹き鳴らすオカリナの音に感極まったかのようだった。やがてアルカディア号は正常に動き出すのだが、今度は魔の海と呼ばれるサルガッソ海からの連絡信号をキャッチする。サルガッソ海へ向かったアルカディア号に、切田長官の率いるジェット機の編隊が襲いかかる。撃退して息をついたのも束の間、今度は海中から「武蔵」や「高雄」といった1000年も前の巨大戦艦が出現して攻撃をしかけてくる！　やはり背後では、宇宙征服を企むマゾーンが糸を引いているのだろうか？　そして、まゆのオカリナやハーロックの叫びに応えるかのように動くアルカディア号には、いったいどんな秘密が隠されているのだろうか？