裏山で黄金のクワガタが現れるという事件が起こった。偶然、その取材現場に居合わせたタギルはヒデアキと出会う。ヒデアキは黄金のクワガタを捕まえる気満々だが、タギルは興味を示さない。そこへ黄金のクワガタが現れた。忽然と消えたその姿に、ふたりはデジモン絡みの事件だと直感し、タギルのやる気も俄然上がっていく。しかし、それを聞いたタギルのクラスメイトで昆虫マニアの金田は、取られてなるものかと思い、タギルから離れないことを宣言、つきまとい始める。そこでタギルは、タイキを利用して金田を巻くが…

ヒデアキと合流したタギルはデジクオーツに向かうが、そこへ金田も現れて一緒についてきてしまう。金田の行動に困り果てるふたりの前に、今回の騒動の原因であるメタリフェクワガーモンが現れた。さっそくハントしようとするふたりだったが、メタリフェクワガーモンは強敵で、返り討ちにあったばかりか、金田を人質として連れ去られてしまう。自分たちの不甲斐なさに悔しがるタギルたち。ふたりを叱咤しながらタイキとユウも金田救出に加わる。さらに何故かリョウマが進んで協力を約束、レンとアイルも仲間に加わった。

人質にされた金田だったが、メタリフェクワガーモンが意外にも優しくておどろく。そこへタギルたちが駆けつけ、金田を救出する。タギルはいつものようにメタリフェクワガーモンをハントするが、クロスローダーに捕獲できない。その理由をメタリフェクワガーモンが語り始めた。あるハンターによって捕獲されたとき、邪悪な存在へ生贄にされて正常なデータを失っているのだという。そのハンターの名前を言おうとした瞬間、謎の敵の攻撃でメタリファクワガーモンは消滅してしまう。そして謎の敵、クオーツモンが現れた！

クオーツモンは、みんなを吸収しようと攻撃を仕掛ける。その攻撃に捕らえられてしまうタギルとアレスタードラモン。そこへ謎の助っ人が現れた。太一のウォーグレイモンと、大のシャイングレイモンだ。二人の協力で危機を乗り切ったアレスタードラモンは尻尾の緊箍児(きんこじ)の力でスペリオルモードに進化、その力でクオーツモンを倒す。それを見届けると、満足そうに帰る太一と大。一方、香港のデジクオーツでも、ネネとキリハを助けるため、ミミと留姫が助っ人として現れていた。それを見て、謎めいた言葉を残す時計屋のおやじとクロックモン。はたして、この世界に一体何が起きようとしているのか？