ゴミ箱をあさって、食べ物を探していたねずみ男は、ダンプカーの上に置き去りにされていた赤ん坊を発見する。警察に届ければ、お礼がもらえると考えて、その赤ん坊を拾おうとしたら、赤ん坊はダンプカーを壊してしまった。妖怪の子供だったのだ。そのままにしておくわけにもいかないので、ねずみ男は妖怪横丁に赤ん坊を連れて行くことにした。面倒を見ようとした砂かけばばあだったが、なぜかねずみ男以外にはなつかず、その怪力にネコ娘や鬼太郎までもが振り回されてしまう。手に負えないので結局ねずみ男に面倒を見させることになった。

仕方なく赤ん坊の世話をするねずみ男だったが、おしめを換えようとすれば絹狸の反物屋の店先を滅茶苦茶にし、なにか食べさせようとすれば小豆洗いの店の菓子を全部食べてしまい、風呂に入れてやれば風呂の湯をあふれさせる暴れぶりに、疲れ果ててしまう。森の中に置き去りにして逃げようとするが、あまりにも自分になつき、自分だけを慕ってくる様子に、ねずみ男もほだされ、真剣に面倒を見ようと決心した。深夜のアルバイトなどで稼いでミルクやおしめを買い込み、赤ん坊に名前をつけてずうっと一緒に暮らしていこうと決意するのだった。

一方、鬼太郎たちは赤ん坊がどの妖怪の子供なのかを調べながら、親を探していた。そこに大人の身長くらいに大きくなった赤ん坊を連れたねずみ男がやってきた。一夜明けたら、身体が大きくなっていたのだという。目玉おやじは、赤ん坊が見越し入道の子供だと確信した。自分より大きいものを見ると、それより大きくなって威嚇する習性があるのだ。大きくなった赤ん坊に驚いたねずみ男は、思わず怖がってしまい、その様子を見た赤ん坊は、泣き出してしまった。そこに、子供の泣き声を聞きつけて妖怪横丁に駆けつけた見越し入道があらわれる。

見越し入道は、住処の山に道路が通ったのに腹を立て、人間たちをこらしめていた。そのため、鬼太郎が人間の味方をして、赤ん坊をさらって泣かしたのだと誤解してしまう。頭に血が上った見越し入道は暴れまわり、戦いに赤ん坊を巻き込んでしまった。ねずみ男は必死で赤ん坊を助け出し、そんな風に赤ん坊のことを忘れるなんて親の資格が無いと抗議する。おとなしくなり、反省して謝罪する見越し入道。結局、赤ん坊は見越し入道の元に戻ることになった。強がりつつも涙で別れを惜しむ姿を見て、みんなはねずみ男の意外な側面を知るのだった。