飛騨山中にある妖怪刑務所に捕まっているぬらりひょん、蛇骨ばばあ、朱の盤を脱獄させようとして、蟹坊主と旧鼠が天狗ポリスたちと戦っていた。蟹坊主の新技、泡爆弾に苦戦する黒鴉。そこに鬼太郎たちが加勢する。ぬらりひょんの刑の執行を見守るためにやってきたのだ。砂かけばばあ、子泣きじじい、ぬりかべ、一反もめん、ネコ娘の活躍で、蟹坊主たちを退けることができた。黒鴉はもらった霊界符を肌身離さず持っていることを、ネコ娘に喜ばれてうれしくなる。天狗大本堂にて大天狗と久々に会った目玉おやじは、一晩飲み明かすのだった。

ぬらりひょんを脱獄させるには、助っ人を雇うしかないと考えた旧鼠は、かまいたちに応援を頼みに行く。だが、謝礼を弾むといってもお金の問題ではないと相手にされずに追い返されてしまう。一方、岩牢に閉じ込められているぬらりひょんは、食事も取らず、岩のかけらをかじって、チャンスの来るのをじっと待っていた。あきらめきれない旧鼠は、ねずみ男にかまいたちとの交渉を依頼する。実はかまいたちは少女漫画マニアだった。かまいたちの崇拝する作家の幻のデビュー作の単行本を譲ることを条件に、脱獄の手助けをすることを承諾させた。

いよいよ、ぬらりひょんたちの石詰めの刑の執行の日がやってきた。岩牢に入れられ、天狗ポリスの護衛の下、化け烏によって刑場まで空路で向かう。空なら蟹坊主や旧鼠も手が出ないと考えたのだ。鬼太郎とネコ娘は一反もめんに乗って同行、砂かけばばあと子泣きじじいはぬりかべとともに地上を後から追うが、罠にひっかかって足止めをくらってしまった。そこに襲い掛かってきたかまいたちによって、岩牢を吊り下げていた紐が切られてしまう。必死でささえる黒鴉と天狗ポリスたち。鬼太郎は強敵かまいたちと激しい死闘を繰り広げるのだった。

ネコ娘に追及されたねずみ男は、単行本が偽物であることをばらしてしまう。それを知ったかまいたちは怒り、ネコ娘とねずみ男に襲いかかった。黒鴉はネコ娘を助けるために飛び出し、支えきれなくなった岩牢は地面に落下してしまった。この機を狙っていたぬらりひょんは、刃状になった爪で岩牢を切り裂き、脱出を果たす。岩をかじっていたのは、体内で金属に精製するためだったのだ。かまいたちを仲間に引き入れ、鬼太郎に再戦を宣言し、雪崩に乗じて逃げていくぬらりひょん一味。宿敵の復活に、鬼太郎たちは新たな戦いを予感するのだった。