ねずみ男は妖怪闇市場で、バリバリという、体の中で孵化するとやる気が出て能力を開花させることができる妖怪の卵を買って一儲けを企む。目玉おやじは、好物のシュークリームを鬼太郎に買いにやらせると、持ち前のお人よしさでいつもみんなにふるまってしまい、自分が食べられないので一緒について行くことにした。高木洋菓子店ではいつもの店主がおらず、息子のシンジが応対するが、ろくに接客が出来ない。全然仕事を覚えられない駄目息子だと嘆きつつも、立派な跡継ぎにさせてみせるという高木の父親としての思いに共感する目玉おやじ。

居酒屋に呼び出された高木は、そこで引きこもりだった居酒屋の息子が、ばりばり働いて元気に店を手伝っている姿を見る。ねずみ男に相談したのだと言う。最近活躍しているサッカーの蹴原選手や野球の打田選手もそのおかげだと聞かされる。ある日、高木は過労で倒れてしまう。しかし幼稚園からおやつの注文が入っているので休めない。シンジに代わりにシュークリームを焼かせることにするが、失敗してしまい、幼稚園の仕事をキャンセルする羽目になった。その晩、高木の前にねずみ男があらわれ、シンジにバリバリの卵を飲ませるのだった。

明朝、早くから起き出してシュークリーム作りに精を出すシンジの姿があった。亡き妻に誓った、シンジを立派な菓子職人にするという夢がかない喜ぶ高木。だが、全く休もうとしないで働くシンジに不安を覚える。居酒屋の息子もやつれながらも仕事を休もうとはせず、打田選手が倒れたというニュースも伝わってきた。ネコ娘がシンジの異常を知らせに来て、駆けつけた鬼太郎と目玉おやじは事情を聞き、これが妖怪バリバリの仕業だと知る。このままではシンジは死んでしまうという。高木はシンジに自分の気持ちを押し付けていたことを後悔する。

かくなる上はバリバリを倒すしかないと決意した目玉おやじは、シンジの口から体内に入っていった。だがバリバリとの交渉は決裂し、叩きのめされてしまった。しかし応援する鬼太郎や高木の思いに応え、父親としての気持ちを持ってバリバリに立ち向かう。その姿にうたれたバリバリは、目玉おやじの説得を聞いてシンジの体内から出ていくことに同意した。高木はあせらずにシンジを育てることにし、シンジもプレッシャーから開放されて、普通にやる気になる。バリバリの協力で下剤を開発できたので、他の被害者も助けることができたのだった。