みのりと両親は、郊外のニュータウンに引っ越してきた。自然環境に喜ぶ一家だったが、住む予定の家の前に、一人の老人が立ちはだかる。ここに住んではいけない、出て行けと言い放つ老人。そこに住宅会社の所長が来て老人を追い払い、何も問題は無いと言う。不審に思いながらも、荷物の整理をする一家。そこににわか雨が降ってきて、何か不気味なうなり声がする。様子を見にドアを開けた父親の前にあらわれたのは、泥の化け物だった。化け物は「田を返せ」と言いながら泥を吐き、みのりをかばった父親は、泥を浴びて倒れてしまうのだった。

病院に入院した父親を看病しながら、みのりは鬼太郎に状況を説明した。鬼太郎は住宅会社の事務所に行くが、そこにねずみ男が働いていた。この辺りは元は田んぼだったと聞き、開発をやめるように言う鬼太郎を所長は追い出すが、そこに水漏れした水道管の工事現場から泥の妖怪、泥田坊があらわれる。説得がきかない泥田坊とやむをえず戦う鬼太郎。ちぎれても再生する泥田坊に苦戦するが、霊毛ちゃんちゃんこで動きを封じ、陽の光で乾燥させることで退治することが出来た。所長はこれで妖怪も退治されたから大丈夫だと、開発をやめようとしなかった。

まだ全てが終わったわけではないと忠告して、一旦、妖怪横丁に戻った鬼太郎は、放浪の旅から戻った古今（古今東西妖怪大図鑑）で泥田坊の情報を調べ、熱を嫌い、水を好むことを知る。おりしもニュータウンに雨が降り、乾燥して飛び散っていた泥が泥田坊となって、大量発生し、人々をおそい始めた。母親がおそわれ、逃げまどうみのりを、軽トラックに乗って救い出したのは、引っ越してきた日に家の前に立っていた老人だった。だが、軽トラックも泥田坊に捕まってしまう。そこに鬼太郎が助けにあらわれるが、泥田坊に飲み込まれてしまった。

体内電気で泥田坊から脱出したものの、倒しても倒しても再生する泥田坊にどうすることもできない。老人は泥田坊をニュータウンのはずれに誘導するように指示した。泥田坊をおびき寄せる鬼太郎たちだったが、老人がつまづいて倒れてしまう。迫り来る泥田坊。だが泥田坊は吸い寄せられるように横の田んぼに向かって行き、おとなしくなる。実は泥田坊は元々、田んぼのそこで静かに暮らすおとなしい妖怪だったのだ。しかしこの田んぼだけでは泥田坊が住むには狭すぎるため、ニュータウンは、美味しいお米が採れる田んぼ付きの住宅地として売り出すことで、泥田坊と共存することができたのだった。